Od nadania Sambora aż do sekularyzacji dóbr kościelnych przez rząd pruski, Miłobądz administracyjnie należał do biskupstwa kujawskiego.
Miejscowość pod zlatynizowaną nazwą villa Milobanie wymieniona jest w łacińskim dokumencie wydanym w Świeciu w 1283 roku sygnowanym przez księcia pomorskiego Mściwoja II„Kodeks dyplomatyczny Wielkopolski”, tom I, Biblioteka Kórnicka, Poznań 1877, s. 488-489.. Pierwszym znanym z imienia proboszczem Miłobądza był Henryk, który w 1320 roku występował jako świadek w procesie Łokietka przeciw Krzyżakom, którzy w 1308 roku zajęli Gdańsk. Budowę obecnego kościoła, w miejscu starego drewnianego, datuje się na lata 1299-1320. Do najstarszej części – dzisiejszego prezbiterium, które było wówczas pierwszym murowanym gotyckim kościołem – w II poł. XIV w. dobudowano nawę o długości 20 m i wieżę z gontowym hełmem, o wysokości 45 m.