W 1466 roku, w wyniku II pokoju toruńskiego, Pomorze Gdańskie powróciło do Polski. Miłobądz i okoliczne wsie znalazły się w powiecie tczewskim, najrozleglejszym z utworzonych 8 powiatów nowego województwa pomorskiego. W 1523 roku proboszczem w Miłobądzu był Maurycy Ferber, późniejszy zwierzchnik Mikołaja Kopernika. W latach 1773–1918 Miłobądz podlegał administracji zaboru pruskiego. W 1919 powrócił do Polski stając się kolejową stacją celną na granicy z Wolnym Miastem Gdańskiem.
16 sierpnia 1939 nad ranem zginął tu patrolujący granicę żołnierz 2 Batalionu Strzelców z Tczewa Michał Różanowski, zastrzelony przez Niemców po pomyłkowym przekroczeniu granicy. W miejscu tym znajduje się pomnikŻycie w Tczewie podczas okupacji hitlerowskiej. Wystawa w Fabryce SztukPrzedwojenne budynki graniczne na Pomorzu Gdańskim. Po 1 września hitlerowcy zamordowali 14 mieszkańców. Po wybuchu II wojny światowej Miłobądz znalazł się pod okupacją niemieckiej III Rzeszy. Wyzwolenie nastąpiło 15 marca 1945 roku. Wycofujący się Niemcy podłożyli materiał wybuchowy w kościele, przez co zniszczeniu uległa m.in. wieża kościelna. Całkowitej zagładzie uległo bogato wyposażone wnętrze, w tym trzy barokowe ołtarze, organy oraz ambona w kształcie łodzi, spłonęły też stropy i całość konstrukcji dachowej. Ucierpiała również szkoła.