W wielu językach samogłoski można podzielić na poszczególne klasy (np. na samogłoski tylne, zaokrąglone), podobnie zachowujące się przy asymilacji harmonicznej. Niektóre języki mogą mieć kilka rodzajów harmonii samogłosek.
W pewnych językach nie wszystkie klasy samogłosek uczestniczą w harmonii (wyróżnia się klasę samogłosek obojętnych, neutralnych). Stojące między samogłoskami spółgłoski są także często obojętne. Niektóre języki mają ponadto samogłoski blokujące asymilację harmoniczną.
Wreszcie, nie zawsze harmonia dochodzi do skutku. Sytuacja taka (dysharmonia) dotyczy głównie słów zapożyczonych z innych języków.
Nazewnictwo Pojęcie harmonii samogłosek jest używane w dwóch znaczeniach: W rozumieniu szerszym harmonia samogłosek może być progresywna lub regresywna. Wtedy pojęcie to jest synonimem metafonii. W znaczeniu węższym harmonia samogłosek jest typem progresywnym metafonii. Regresywnym jest przegłos.
Przykłady w wybranych językach Harmonia samogłosek pojawia się prawie we wszystkich językach ugrofińskich i ałtajskich.