Z uwagi na zły stan zdrowia nie posłano go do szkoły publicznej, lecz najprawdopodobniej uzyskał podstawowe wykształcenie w zakresie czytania, pisania i matematyki w jednej z tzw. dame schools, prywatnych placówek prowadzonych przez kobiety. Carter nie odebrał formalnego wykształcenia przygotowującego do zawodu. O jego nikłej znajomości ortografii i interpunkcji świadczyły liczne błędy w późniejszych listach pisanych z wyprawy do Egiptu. Carter wykazywał jednak uzdolnienia plastyczne i zachęcany był do rysowania zwierząt.
Pierwsza wyprawa do Egiptu W wieku 17 lat, za wstawiennictwem lady Amherst of Hackney – żony barona Amherst of Hackney Williama Tyssena-Amhersta (1835–1909), został przyjęty do ekipy archeologicznej Percy’ego Edwarda Newberry’ego (1869–1949), który prowadził prace dokumentacyjne m.in. w Beni Hassan. W 1891 roku Carter wyjechał do Egiptu i rozpoczął pracę dla Egypt Exploration Fund. Wówczas pomagał Newberry’emu w sporządzaniu rysunków z Beni Hassan. W 1892 roku dołączył do Williama Flindersa Petriego (1853–1942).