Prace w Górnym Egipcie W latach 1893–1899 pracował w Deir el-Bahari, gdzie pod kierunkiem Szwajcara Edouarda Naville’a dokumentował dekoracje świątyni Hatszepsut, a jego rysunki uznawane są za jedne z najlepszych w swoim rodzaju. Podczas pracy Howardowi pomagał przez jeden sezon brat Vernet. Rysunki braci zostały opublikowane w latach 1895–1908 w sześciotomowym dziele Naville’a The Temple of Deir el Bahari.
W 1899 roku Carter został mianowany głównym inspektorem zabytków Górnego Egiptu Egyptian Antiquities Service (EAS) (ang. Antiquities Service Inspector General for Upper Egypt) i przez kolejne cztery lata pracował nad dokumentacją zabytków Górnego Egiptu, szczególnie Teb. Wówczas odkrył cenotaf Mentuhotepa II, grobowce Hatszepsut, Totmesa II i Totmesa IV, a także odgruzował grobowiec Merenptaha.
W 1904 roku został mianowany inspektorem Dolnego Egiptu. Jego kariera na tym stanowisku zakończyła się nagle w wyniku incydentu z udziałem francuskich turystów zwiedzających Sakkarę w 1905 roku. Następnie pracował jako rysownik i handlarz antykami.