Szahruch zabronił Uług Begowi samodzielnie wyruszać przeciwko Borakowi niemniej ten tak właśnie zrobił kiedy dotarły do niego posiłki od ojca przyprowadzone przez jego brata Muhammada Dżukiego. W rezultacie w roku 1427 dwaj synowie Szahrucha ponieśli upokarzającą klęskę z rąk Boraka, po której to Uług Beg został na krótki czas pozbawiony namiestnictwa. Przywrócony na swoje stanowisko Uług Beg nie stanął jednak ponownie na czele armii aż do śmierci swojego ojca. Borak zginął ok. 1428/1429, zaś w regionie zaczęło rosnąć znaczenie konfederacji Uzbeków pod przywództwem Abu al-Chajra (1428–1468). W roku 1430/1431 Uzbecy zajęli północny Chorezm. Początkowo zostali wyparci, jednak w roku 1435 dokonali ponownego podboju tego terytorium, by w latach 40. dotrzeć do Syr-darii, skąd dopuszczali się rajdów na terytoria Timurydów. Pod koniec okresu namiestnictwa Uług Bega Uzbecy plądrowali regularnie tereny sięgające niemal do Samarkandy i Buchary. W roku 1446 Abu al-Chajr zdobył cały szereg miast w dolnym i środkowym biegu Syr-Darii, łącznie z Sygnakiem.