W sytuacji militarnej bierności Uług Bega sytuacja pogarszała się także na jego wschodniej granicy. Kiedy przybył do niego mogolski pretendent do tronu, Junus Oghłan (1462–1487), Uług Beg przyrzekł mu azyl, jednak następnie zdradziecko wymordował wielu jego zwolenników. Szahruch zbeształ go za to i odesłał Junusa do Iranu, gdzie ten pozostał aż do panowania Abu Sa’ida (1451–1469). Ok. roku 1434/1435 Dughlat odzyskali Kaszgar i zbudowali fort na pograniczu Kotliny Fergańskiej, skąd urządzali rajdy na region Andiżanu, przy braku jakiejkolwiek reakcji Uług Bega.
Uług Beg nie rządził w całym Mawarannahrze, bowiem Hisar-i Szadman położony w południowej części regionu Szahruch oddał we władanie Muhammada Dżahangira. Także Chottal miał własnego namiestnika. Bartold uważał, że Uług Beg był właściwie niezależnym władcą Mawarannahru, jednak tak samo jak inni namiestnicy musiał on wymieniać swojego ojca jako panującego w chutbie i umieszczać jego imię na monetach oraz przysyłać mu posiłki na jego wyprawy. Imię Szahrucha pojawiało się także na dekretach i nominacjach Uług Bega, a jego ojciec nadzorował jego działania. Uług Beg zimy spędzał zazwyczaj w Bucharze, przeważnie oddając się polowaniom, a resztę roku w Samarkandzie. Niewiele wiadomo na temat jego administracji.