Z Egiptu znane są skamieniałości identyfikowane z rodzajem Echinodorus datowane na 79 milionów lat temu (kampan). Systematyka według Angiosperm Phylogeny Website (aktualizowany system APG IV z 2016) Zgodnie z danymi APWeb żabieńcowate należą do rzędu żabieńcowców i zajmują w jego drzewie filogenetycznym następującą pozycję:
W systemie APG III rodzina żabieńcowatych została połączona z wyłączaną wcześniej (do systemu APG II z 2003 włącznie) rodziną limnocharysowatych (Limnocharitaceae). Wyodrębnianie tej rodziny zmieniało żabieńcowate w takson parafiletyczny.
Podział rodziny i wykaz rodzajów W obrębie rodziny wyróżnia się dwa klady, z których jeden obejmuje rodzaje Alisma, Luronium, Damasonium i Baldellia, a drugi resztę rodziny. Relacje między rodzajami w obrębie tych grup pozostają niejasne, podobnie zresztą sama klasyfikacja rodzajów wymaga zmian, bowiem kilka z rodzajów ma w tradycyjnym ujęciu charakter parafiletyczny. Albidella Pichon Alisma L. – żabieniec Astonia S.W.L.Jacobs Baldellia Parl. – żabienica Burnatia Micheli Butomopsis Kunth Caldesia Parl. – kaldezja Damasonium Mill. Echinodorus Rich. ex Engelm. (tu włączane są w niektórych ujęciach wyodrębniane rodzaje Aquarius Christenh. & Byng oraz Helanthium (Benth. & Hook.f.) Engelm. ex J.G.Sm.) Hydrocleys Rich. – hydrokleja Limnocharis Bonpl.