W czasie lustracji stwierdzono, że dochód z tej wsi dla polskiego króla wynosi 14 złotych 9 groszy oraz 15 denarów. W 1580 Pęckowo znajdowało się w posiadaniu kasztelana międzyrzeckiego Andrzeja z Górki, który zapłacił pobór podatkowy od 6 półłanków, jednego zagrodnika, jednego kołodzieja oraz jednego półłanka karczmarskiego.
W 1580 leżała w Koronie Królestwa Polskiego i należała do ówczesnego kasztelana rezydującego na zamku międzyrzeckim. Wieś ma zabudowę zwartą oraz układ wielodrożnicy.
Do czasu rozbiorów leżała w Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Wskutek II rozbioru Polski w 1793 r., miejscowość przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. Pod koniec XIX wieku jako wieś Pęczków leżącą w powiecie czarnkowskim odnotował miejscowość XIX wieczny Słownik geograficzny Królestwa Polskiego. Liczyła ona wówczas 94 domy oraz 964 mieszkańców w tym 923 katolików, 31 protestantów oraz 10 izraelitów.
Po powstaniu wielkopolskim wraz z całą Wielkopolską znalazła się w granicach II RP. W 1909 r.