Była powołana w XIII w. początkowo do walki z innowiercami. Jej wyroki musieli uznawać i wykonywać wszyscy katoliccy władcy państw europejskich. W 1542 r. papież Paweł III zmienił zasady funkcjonowania tej instytucji sądowniczej, tak aby skuteczniej zapobiegać działaniom protestantów. Nadzór nad wykonywanymi przez nią zadaniami powierzył wówczas sześciu kardynałom. Jednak metody stosowane przez inkwizytorów sprawiły, że instytucja ta zyskała bardzo złą sławę na całym kontynencie.
Cele kontrreformacji Głównym celem kontrreformacji było odzyskanie przez Kościół katolicki pozycji i wpływów, utraconych wskutek reformacji. Cel ten realizowano w krajach Europy Zachodniej trzema metodami: Surowe prześladowania innowierców przez aparat państwowy, współdziałający z Kościołem katolickim w zwalczaniu opozycji wyznaniowej (metoda ta stosowana była przede wszystkim w Hiszpanii, a także w posiadłościach Habsburgów w Niderlandach oraz we Włoszech); Nakłanianie władców katolickich do działań zbrojnych przeciwko krajom protestanckim w celu przywrócenia Kościołowi katolickiemu pozycji panującej (metodę tę stosowano przede wszystkim w krajach niemieckich, ale także przeciwko Anglii); Przejściowe tolerowanie istnienia grup innowierczych obok katolicyzmu, aby w sprzyjających okolicznościach zastosować radykalniejsze środki (metodę tę