Trudna do ustalenia jest data przejęcia kaplicy przez Kościół Prawosławny. Białostocki historyk Piotr Chomik uważa, że z pewnością nie był to rok 1865 jak pisał ksiądz Jan Kurczewski. Już w 1860 bowiem z inicjatywy prawosławnej (pierwotnie greckokatolickiej aż do skasowania unii brzeskiej przez władze rosyjskie w 1839) parafii św. Mikołaja przeprowadzany był remont i rozbudowa kaplicy. Kaplica została wyświęcona dla użytku Kościoła Prawosławnego 25 lipca 1861 przez ówczesnego proboszcza cerkwi św. Mikołaja Jana Sitkiewicza. Do następnej przebudowy doszło w 1865, a w 1891 świątynię ogrodzono.
W latach 1970–1973 w pobliżu kaplicy władze miejskie realizowały szeroko zakrojony projekt rewitalizacyjny, wpisujący się w program przygotowań do Dożynek Centralnych (1973 r.). Polegał on na wkopaniu we wschodnie zbocze wzgórza amfiteatru o pokaźnych rozmiarach. Budowa obiektu i towarzyszącej mu infrastruktury doprowadziła do zniszczenia wielu grobów. Argumentem przemawiającym, zdaniem władz, za takim rozwiązaniem, była skrajna dewastacja i zapomnienie nekropolii. W 1970 r. ze zrujnowanego grobowca anonimowego rosyjskiego oficera artylerii wydobyto lufy czterech armat, które zostały przekazane Muzeum Wojska w Białymstoku. Eksponowane są one obecnie w jednostce Podlaskiego Oddziału Straży Granicznej przy ulicy gen.