Józefa Bema 100.
W latach 1957–1958 toczył się proces przed Sądem Powiatowym w Białymstoku pomiędzy Kościołem Prawosławnym a Rzymskokatolickim o prawo własności do cmentarza i kaplicy. Wyrok przyznawał 2/3 cmentarza oraz świątynię katolikom. Obie strony złożyły odwołanie, jednak do sprawy nie doszło ze względu na przejęcie przez miasto spornej nieruchomości z zamiarem urządzenia na niej parku miejskiego. W 1964 Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej wydało ostateczną decyzję, w której poinformowano Kościół Prawosławny, że może on wydzierżawić od miasta kaplicę i teren wokół niej. Sprawę uregulowano prawnie dopiero w 1991, przekazując część wzgórza (409 m²) Polskiemu Autokefalicznemu Kościołowi Prawosławnemu (decyzję zatwierdzono w 2006).
Teren cmentarza na wzgórzu św. Marii Magdaleny był od 2002 r. obiektem badań archeologicznych, które szczególnie nabrały na intensywności w 2006 r. w związku z likwidacją starego amfiteatru i budową gmachu Opery i Filharmonii Podlaskiej.
W 1995 powstała wojskowa parafia Świętych Piotra i Pawła, dla której cerkiew św. Marii Magdaleny stała się świątynią parafialną (funkcję tę pełniła do października 2020 r.).
Od 2021 r. cerkiew służy Prawosławnemu Duszpasterstwu Akademickiemu przy Katedrze Teologii Prawosławnej Uniwersytetu w Białymstoku. Kustoszem świątyni jest ks.