Lata 2001–2007 W wyborach parlamentarnych w 2001 ZChN wystartowało bez powodzenia w ramach osłabionej Akcji Wyborczej Solidarność Prawicy. Znaczna część jego byłych działaczy weszła w skład nowego ugrupowania Prawo i Sprawiedliwość, organizując się uprzednio w Przymierzu Prawicy (m.in. Marek Jurek, Kazimierz Marcinkiewicz, Marian Piłka). Po przegranych wyborach ZChN zerwało współpracę z Ruchem Społecznym AWS oraz PPChD i zaczęło szukać sojusznika w Lidze Polskich Rodzin. Na nowego prezesa ZChN w 2002 został wybrany Jerzy Kropiwnicki. Problemy organizacyjne spowodowały, iż partia nie złożyła sprawozdania finansowego i została wykreślona z ewidencji, co wymusiło dokonanie ponownej rejestracji.
W wyborach samorządowych w 2002 ZChN razem z Ruchem Katolicko-Narodowym i Ruchem Odbudowy Polski współtworzyło komitet wyborczy „Razem Polsce”, który jednak nie odniósł większych sukcesów (zaledwie 1,09% poparcia w skali kraju). Jedynie Jerzy Kropiwnicki został wówczas prezydentem Łodzi, a Ryszard Tur prezydentem Białegostoku. 12 października 2003 działacze samorządowi zainicjowali powstanie Chrześcijańskiego Ruchu Samorządowego, na którego czele stanął prezes ZChN.