W referendum unijnym w 2003 ZChN wzywało do opowiedzenia się za integracją z Unią Europejską. W wyborach do Parlamentu Europejskiego współtworzyło Narodowy Komitet Wyborczy Wyborców wraz z byłym Marszałkiem Sejmu Maciejem Płażyńskim i byłym wicepremierem Januszem Steinhoffem. Komitet poniósł porażkę, uzyskując jedynie 1,56% głosów. Z list NKWW startowało do PE 8 członków ZChN, ponadto 2 członków partii startowało z listy PiS. Tuż przed wyborami z ZChN odszedł do Samoobrony RP były prezes stronnictwa Ryszard Czarnecki.
29 września 2004 nadzwyczajny zjazd delegatów ZChN w województwie zachodniopomorskim podjął decyzję o rozwiązaniu lokalnych struktur tej partii. Władze centralne ZChN uznały tę decyzję za nielegalną.
W czasie wyborów prezydenckich w 2005 stronnictwo początkowo upatrywało swej szansy w budowie bloku politycznego wokół kandydatury Zbigniewa Religi – m.in. z PSL kierowanym wówczas przez Janusza Wojciechowskiego w ramach porozumienia „Zgoda”. Zbigniew Religa jednak przed pierwszą turą wycofał się z kandydowania i poparł lidera PO – Donalda Tuska. W tej sytuacji Jerzy Kropiwnicki wsparł Lecha Kaczyńskiego.