Nie wiadomo, czy to prawda, jednak po ataku na WTC wszelkie konta bankowe na całym świecie należące do osób i instytucji choćby tylko podejrzanych o współpracę z Al-Ka’idą zostały zablokowane (według filmu Fahrenheit 9.11 Michaela Moore’a rząd saudyjski nie zamroził kont 15 porywaczy samolotów z 11 września, nawet nie zezwolił na przesłuchanie ich rodzin).
Opis Dżamala al-Fadla Chociaż informacje o bieżącej strukturze Al-Ka’idy są nieznane, istnieje jej opis dokonany przez Dżamala al-Fadla, na którego podstawie amerykańskie władze kreślą przybliżony schemat, jak Al-Ka’ida jest zorganizowana. Chociaż informacje posiadane od al-Fadla są ciągle weryfikowane, a jego motywacja do składania zeznań jest kwestionowana, to amerykański wywiad bazuje w dużym stopniu na temat wiedzy o strukturze Al-Ka’idy na podstawie jego zeznań.
Usama ibn Ladin był emirem i szefem głównym (seniorem) kierownictwa operacyjnego Al-Ka’idy (choć oficjalnie tę rolę pełni Abu Ajjub al-Iraki), wspieranej przez Komisję Szury, która składa się z najwyżej postawionych członków Al-Ka’idy, w skład której wchodzi szacunkowo – według informacji podawanych przez Zachód, od 20 do 30 osób.