Ajman al-Zawahiri był wiceprzewodniczącym operacyjnym Al-Ka’idy, a Abu Ajjub al-Masri prawdopodobnie szefem Al-Ka’idy w Iraku.
Wydział Militarny jest odpowiedzialny za trenowanie członków Al-Ka’idy, zakup broni oraz za planowanie ataków.
Wydział Finansowo-Biznesowy odpowiada za biznesowe działania. Dział podróży dostarcza bilety lotnicze i sfałszowane paszporty. Dział kadr wypłaca pieniądze członkom Al-Ka’idy, a dział zarządzania nadzoruje dochodowe interesy. W raporcie amerykańskiej Komisji do Zbadania Okoliczności Zamachów z 11 września, podkreślane jest, że Al-Ka’ida na powyższe działania potrzebuje rocznie średnio około 30 mln dolarów.
Wydział Prawa stoi na straży przestrzegania prawa islamskiego i decyduje o przeprowadzaniu spektakularnych akcji mających na celu przestrzeganie prawa.
Wydział Nauk Islamskich i Fatwy wydaje religijne edykty, jak fatwa z 1998, w którym wzywa muzułmanów do zabijania Amerykanów.
Pod koniec lat 90. rozgłosu nabrał Wydział Medialny Al-Ka’idy, który wydawał nieistniejącą już gazetę „Naszrat al-Ahbar” i z sukcesami zajmował się public relations. Obecnie sądzi się, że działania medialne są mało znaczącą częścią organizacji.