Od roku 1809 wykładał dodatkowo historię Polski i historię powszechną, a w roku 1810 został kierownikiem nauczania historii i geografii. W roku 1811 Towarzystwo do Ksiąg Elementarnych zleciło mu przygotowanie podręcznika literatury dla klasy VI szkół wojewódzkich. W latach 1811–1817 sprawował funkcję kierownika biblioteki licealnej. W tym samym czasie pełnił obowiązki nauczyciela w domu Tomasza Ostrowskiego.
W roku 1812 ożenił się z Emilią Zeydler. Jego córka Klementyna wyszła za mąż za Kazimierza Stronczyńskiego. Miał także syna Alfreda, lekarza działającego w Poznaniu, pod koniec życia księdza katolickiego związanego ze Zmartwychwstańcami w Rzymie.
W roku 1816 Feliks Bentkowski, jako pierwszy został uhonorowany godnością doktora honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz uzyskał doktorat filozofii (za Historię literatury polskiej...). W tym samym czasie został członkiem korespondentem Towarzystwa Naukowego Krakowskiego oraz sprawował piecze nad płockim Towarzystwem Naukowym. Od 7 października roku 1817 do roku 1832 był profesorem historii powszechnej na Królewskim Uniwersytecie Warszawskim, od 1821 trzykrotnie był dziekanem Wydziału Nauk i Sztuk Pięknych. Przy Uniwersytecie założył Gabinet Numizmatyczny, którego był dyrektorem.