Po dojściu Hitlera do władzy zwolniony z pracy na uczelni i pozbawiony mandatu posła. Ograniczył działalność publicystyczną (w 1936 roku otrzymał zakaz publikowania), skupiając się na pisaniu biografii – w 1937 napisał biografię Friedricha Naumanna, w 1940 Antona Dohrna oraz w 1942 Justusa von Liebiga. Pod pseudonimem Thomas Brackheim nawiązał współpracę z tygodnikiem „”, a w 1940 roku napisał osiem niepolitycznych artykułów do kontrolowanego przez Ministerstwo Propagandy tygodnika „Das Reich”Heuss an Oskar Stark, 25. Februar 1941. w: Elke Seefried: Theodor Heuss; In der Defensive. Briefe 1933-1945. Monachium 2009, s. 399.. W czasie wojny utrzymywał stałe kontakty z działaczami antyhitlerowskiego ruchu oporu, w tym z Julisem Leberem. mały|lewo|210x210px|Konrad Adenauer i Theodor Heuss (z prawej) podczas spotkania w Bonn (1959) W 1945 Heuss został powołany przez amerykańskie władze okupacyjne na stanowisko ministra kultury w Wirtembergii-Badenii. W tym samym roku był jednym z założycieli tygodnika „”. W 1946 został członkiem landtagu i przewodniczącym nowo powołanej w amerykańskiej strefie okupacyjnej partii liberalnej – Demokratische Volkspartei (DVP).