Rok później uzyskał posadę profesora honorowego na Technische Hochschule w Stuttgarcie i został wybrany do Rady Parlamentarnej Niemiec.
12 grudnia 1948 w Happenheim zainicjował powstanie Wolnej Partii Demokratycznej (FDP) i został wybrany jej pierwszym przewodniczącym. W sierpniu 1949 zdobył mandat deputowanego do Bundestagu, a 12 września tegoż roku został wybrany przez Zgromadzenie Federalne na pierwszego Prezydenta Republiki Federalnej, w 1954 roku bez głosów przeciwnych wybrany na drugą pięcioletnią kadencję. W 1951 roku ustanowił nowe niemieckie odznaczenie państwowe – Order Zasługi Republiki Federalnej Niemiec. mały|Grób Theodora Heuss i jego żony w Stuttgarcie. Po zakończeniu drugiej kadencji zamieszkał w Stuttgarcie. W 1963 roku opublikował swoje wspomnienia, w grudniu tego samego roku zmarł wskutek komplikacji po operacji amputacji nogi. Został pochowany na Cmentarzu leśnym w Stuttgarcie.
W 1957 imieniem Theodora Heussa nazwano statek ratownictwa morskiego. W 1987 ten 23-metrowy statek został przeprowadzony morzem, rzekami i lądem z Bremerhaven do Monachium, gdzie na dziedzińcu Deutsches Museum udostępniono go do zwiedzania.