Rok później powrócił w stopniu porucznika do wojska, gdzie służył w sztabie generalnym.
Po wybuchu insurekcji Kościuszki Rautenstrauch zgłosił akces do powstania i brał udział w obronie Warszawy przeciw szturmowi wojsk rosyjskich i pruskich, z Prusakami walczył m.in. pod Powązkami, a z Rosjanami na przedpolach Pragi. 10 września 1794 Kościuszko mianował go sztabskapitanem i swym przybocznym adiutantem.
Od roku 1798 Rautenstrauch przebywał w Petersburgu i porządkował dokumenty i korespondencję, pozostałe tam po śmierci Stanisława Augusta. Po powrocie do Polski (1800) zaprzyjaźnił się blisko z królewskim bratankiem ks. Józefem – był jego osobistym sekretarzem, brał udział w hucznych zabawach w Pałacu Pod Blachą i Jabłonnie. Wtedy także po raz pierwszy zetknął się osobiście z pracą w teatrze – jako bardzo chwalony aktor brał udział w amatorskich przedstawieniach sztuk francuskich, organizowanych przez księcia Józefa w przebudowanej na te cele sali w pałacu Radziwiłłów przy ul. Krakowskie Przedmieście.