W roku 1816 został mianowany radcą stanu, a w latach do 1819 kierował komisją weryfikującą nadania Orderu Virtuti Militari w czasach napoleońskich. Posypały się na niego ordery carskie (zob. Odznaczenia). Mniej chwalebną kartą w jego życiu był udział w komisji śledczej w sprawie polskich związków wolnomularskich, która działała od 1822 do 1826 roku. Zeznania niektórych przesłuchiwanych, m.in. Łukasińskiego, poważnie obciążyły wielu członków Towarzystwa Patriotycznego. Rautenstrauch często prowadził przesłuchania osobiście. Po zakończeniu śledztwa sporządził obszerny raport, przetłumaczony na francuski i rosyjski. Przesłany nowemu carowi Mikołajowi I wzbudził wielkie uznanie nowego władcy, i na Rautenstraucha posypały się dalsze dowody monarszej łaski; awans na generała dywizji (1826), czy ustępujący rangą tylko najwyższemu carskiemu orderowi św. Andrzeja order św. Aleksandra Newskiego (1829), zaś córka Laura otrzymała godność cesarsko-królewskiej damy dworu.