Ostatnie miesiące powstania generał przesiedział cicho „na chorobowym” w Warszawie, zapewne pomny swych przeżyć z okresu insurekcji kościuszkowskiej, obrony Warszawy przed szturmem wojsk Suworowa i rosyjskiej rzezi ludności Pragi. Gdy nastała kapitulacja stolicy, zgłosił się natychmiast do władz rosyjskich i otrzymał od ks. Paskiewicza zadanie reorganizacji dawnej KRW.
W armii rosyjskiej Już w roku 1831 Rautenstrauch został naczelnikiem wojennym województwa mazowieckiego, jednocześnie kierował biurami znajdującej się w likwidacji KRW. W tym samym roku car Mikołaj I powołał go ukazem na stanowisko członka Rządu Tymczasowego kierującego resortem Oświecenia i Wyznań Religijnych. 16 marca 1832 przyjęto Rautenstraucha do armii Imperium Rosyjskiego w stopniu generała-lejtnanta (gen. dywizji), w roku 1834 postąpił na generała-adiutanta, (ranga odpowiadała generałowi broni). Natychmiast po wcieleniu Orderu Orła Białego do systemu odznaczeń rosyjskich nadano go Rautenstrauchowi (1832) jako pierwszemu z Polaków. Zaproponowano mu tytuł hrabiowski, ale nie przyjął go nie posiadając męskiego potomstwa. Otrzymał oprócz tego funkcję zastępcy namiestnika Paskiewicza w Radzie Stanu, kierownika spisu i zaciągu wojskowego oraz najwyższego dowódcy kompanii inwalidzkich, szpitalnych i poprawczych więziennych.