Żółto-niebiescy wówczas trafili do grupy z FC Kaiserslautern, First Vienna FC 1894 oraz FC Carl Zeiss Jena, kończąc rozgrywki na trzecim miejscu w grupie. Dużo lepiej piłkarze RKC spisali się w kolejnym sezonie 1989/1990, zajmując ósmą lokatę. Strata do piątej w tabeli Rody JC Kerkrade, która zapewniła sobie awans do Puchar UEFA, wyniosła zaledwie cztery punkty. W sezonie 1990/1991 ekipa z Waalwijk poprawiła osiągnięcie z ubiegłego sezonu i ostatecznie uplasowała się na siódmym miejscu. W 1992 roku podopieczni trenera Leo van Veena ponownie wzięli udział w Pucharze Intertoto, ale tym razem nie udało im się wygrać grupy notując dużo gorszy występ niż za pierwszym razem i zajmując ostatecznie ostatnie miejsce w grupie.  Pierwszy kłopoty klubu miały miejsce w sezonie 1993/1994. Wówczas żółto-niebiescy po zasadniczym sezonie nie zdołali zająć bezpiecznej lokaty i zmuszeni zostali rozgrywać baraże, które ostatecznie zakończyły się utrzymaniem w najwyższej klasie rozgrywkowej w Holandii. Przed rozpoczęciem sezonu 1995/1996 do nazwy dodano „Waalwijk”, a klub zaczął występować jako RKC Waalwijk. W sezonach 1996/1997, 1997/1998 i 1998/1999 klub zajmował 16 miejsce. Po tych nie najlepszych występach nowym szkoleniowcem został Martin Jol. Jol na Mandemakers Stadion spędził pięć lat (1998-2003).