Szestno należało tym samym do grupy lokalnych ośrodków administracji zakonnej na wschodnich terenach państwa krzyżackiego.
Inwentarze zamkowe z lat 1412, 1437, 1441, 1507–1508 i 1516 wymieniają w głównym domu zamkowym m.in. kaplicę, izbę prokuratora, refektarz i zbrojownię. Przy zamku znajdował się rozbudowany folwark zakonny z młynem, browarem, słodownią, tartakiem i stajniami, w których utrzymywano konie bojowe i robocze.
W 1454 roku, podczas wojny trzynastoletniej, zamek został zdobyty przez stronę polską. Nie wiadomo, w jakim stopniu został wówczas uszkodzony. Na mocy II pokoju toruńskiego z 1466 roku Szestno pozostało w granicach państwa zakonnego.
Po sekularyzacji Zakonu w 1525 roku zamek był siedzibą starostów do roku 1752. Później zamek został opuszczony i popadł w ruinę. W XIX wieku jego zabudowania stopniowo ulegały dalszej degradacji i rozbiórkom.
Architektura
Zamek wzniesiono na niewielkim wyniesieniu na przesmyku pomiędzy jeziorami Juno i Salęt, w pobliżu cieku łączącego oba jeziora. Otoczenie zamku było związane z systemem wodnym wykorzystywanym przez działający przy nim młyn.