Po ich remoncie i przebudowie na wersję rozpoznawczą J1N1-C zostały przekazane w celu przetestowania w warunkach bojowych do Tainan Kokutai (jap. – eskadra Tainan), operującej z wysuniętej bazy lotniczej Lae. Zadaniem nowych maszyn były loty patrolowe nad akwenami Morza Koralowego, Zatoki Papua w okolicach Port Moresby, aż do północnych wybrzeży Australii.
2 sierpnia 1942 roku, podczas lotu zwiadowczego nad Zatoką Papua, J1N1-C przypadkowo natknął się na zgrupowanie bombowców amerykańskich osłanianych przez myśliwce eskorty P-39 Airacobra i został przez jeden z nich zestrzelony. Druga z maszyn została utracona 14 września w niejasnych okolicznościach. Trzeci J1N1-C został poważnie uszkodzony następnego dnia podczas wykonywania misji rozpoznania skutków ostrzału lotniska Henderson na Guadalcanalu przez pancerniki „Kongō” i "„Haruna”. Samolot z uszkodzonym prawym silnikiem powrócił do bazy i lądował awaryjnie, chociaż Amerykanie uznali go za zestrzelony. Wkrótce wraz z Tainan Kokutai maszyna została wycofana na Wyspy Japońskie.