Po przekazaniu samolotów do jednostek aparatura radarowa, ze względu na niską skuteczność i dość dużą masę dochodzącą do 70 kg, była w wielu przypadkach demontowana na prośbę pilotów preferujących tradycyjny, wzrokowy sposób wyszukiwania celów.
Kolejną modyfikacją było wprowadzenie innego typu działek Typ 99 Model 2-4 ze zwiększonym do 200 sztuk na działko zapasem amunicji, które w liczbie trzech sztuk były montowane tylko na grzbiecie kadłuba maszyny. Z dolnych działek, jako mniej efektywnych, zrezygnowano.
Produkcję maszyn J1N zakończono w październiku 1944 roku. Łącznie w zakładach Nakajima zbudowano 486 maszyn z czego 3 prototypowe i 6 serii przedprodukcyjnej.
Użycie bojowe thumb|Nakajima J1N1-S thumb|Nakajima J1N rozgrzewają silniki przed startem thumb|Nakajima J1N1-S na lotnisku thumb|J1N1-S na lotnisku w Yokosuce (na pierwszym planie). Widoczne wokół samoloty to bombowce Mitsubishi G4M, w lewym dolnym rogu widoczny jest także dziób innego Nakajimy J1N1-S. Zdjęcie wykonano w 1945 roku już po kapitulacji Japonii Pierwsze loty bojowe w ramach testów maszyn serii przedprodukcyjnej miały być wykonywane z bazy w Rabaul na Nowej Brytanii, ale wszystkie trzy wysłane maszyny zostały uszkodzone jeszcze przed dotarciem na linię frontu.