W 2000 odmówił ubiegania się o prezydenturę, rok później na pozycji lidera Kok. zastąpił go Ville Itälä. W 2003 wycofał się z działalności politycznej, odszedł z rządu i parlamentu, obejmując stanowisko w zarządzie Europejskiego Banku Inwestycyjnego. W marcu 2005 ogłosił jednak zamiar kandydowania w wyborach prezydenckich w styczniu następnego roku. W pierwszej turze wyborów zajął drugie miejsce (zdobył 24,1% głosów). Przed drugą turą otrzymał wsparcie ze strony rządzących centrystów premiera Mattiego Vanhanena, jednak przegrał z ubiegającą się o reelekcję socjaldemokratyczną prezydent Tarją Halonen (uzyskał 48,2% głosów).
Na skutek wyborów w 2007 Sauli Niinistö powrócił do sprawowania mandatu poselskiego, uzyskując najwyższe w skali kraju indywidualne poparcie, obejmując następnie urząd przewodniczącego fińskiego parlamentu. W 2009 został prezesem Fińskiego Związku Piłki Nożnej, z tego stanowiska zrezygnował po wyborze na urząd prezydenta Finlandii w 2012.