W latach 1773–1788 wieś była w posiadaniu Teodora Szydłowskiego. W 1793 roku sprzedał on Werbkowice za 120 tys. złotych polskich Adamowi Kazimierzowi Szydłowskiemu herbu Lubicz.
Po Adamie majątek mocno zaniedbany odziedziczył w 1842 roku syn Antoni. W połowie XIX wieku Werbkowice zasłynęły z hodowli owiec. Owczarnia ówczesnego właściciela wsi była jedną z pierwszych i największych w Królestwie Polskim. W roku 1848 liczyła 1945, a w 1860 – 2267 owiec. Od 1872 w Werbkowicach wydobywano torf, którego pokłady sięgały miejscami ponad 3 m. W drugiej połowie XIX wieku powstały: szkoła, gorzelnia, dwa młyny, cegielnia oraz olejarnia. W 1864 Antoni Szydłowski wzniósł nową unicką cerkiew we wsi. W 1875, po likwidacji unickiej diecezji chełmskiej, stała się ona siedzibą parafii prawosławnej.