Przez cały okres międzywojenny Konstantin Päts był posłem Riigikogu. W okresie 1932–1934 ponownie został premierem. Päts miał ogromny wpływ na opracowanie nowej konstytucji z 1938. W 1934 rozwiązał wszystkie partie i stowarzyszenia polityczne (m.in. EVL), wprowadzając rządy autorytarne. W 1937 wybrano go na prezydenta kraju (oficjalnie „protektora”), parlament zdominowany był przez zwolenników Pätsa z dawnego „Związku Ludowego”.

W 1939 Konstantin Päts zgodził się na przyjęcie warunków sowieckich (bazy Armii Czerwonej o liczebności przewyższającej liczebność armii estońskiej na terytorium kraju), podobnie jak rok później na żądanie Andrieja Żdanowa mianował premierem Johannesa Vares-Barbarusa. W przeciwieństwie do litewskiego prezydenta Antanasa Smetony, Päts nie zdecydował się na wyjazd z kraju. W lipcu 1940 został aresztowany przez NKWD i deportowany w głąb ZSRR, gdzie żył jako zesłaniec, później ponownie więziony. W 1954 roku padł ofiarą psychiatrii represyjnej w ZSRR – jako „niebędącego w stanie przystosować się do rzeczywistości radzieckiej” osadzono w szpitalu psychiatrycznym opodal Kalinina, gdzie też zmarł.