Na dole z przodu były stanowiska bombardiera/nawigatora, a na dole z tyłu było stanowisko operatora radia. Załoga liczyła 15 osób (dwóch pilotów, dwóch techników pokładowych, radiooperator, operator urządzeń walki elektronicznej, operator radaru, bombardier, nawigator i sześciu strzelców). Wersja eksperymentalna z reaktorem na pokładzie (NB-35H) posiadała dodatkowo panele dla dwóch inżynierów nuklearnych.
Uzbrojenie obronne stanowiło od wersji B-36B 16 działek kalibru 20 mm M24A1, w ośmiu wieżyczkach po dwa działka: nosowej, ogonowej i sześciu, które były chowane w kadłubie dla zmniejszenia oporów aerodynamicznych. Zapas amunicji wynosił po 600 nabojów na lufę, a w przypadku wieżyczki nosowej 400 nabojów. Wieżyczki były zdalnie sterowane z ciśnieniowych przedziałów załogi. Wieżyczka ogonowa również była zdalnie sterowana, a operator siedział w tylnym przedziale ciśnieniowym razem z resztą załogi (nie było osobnego przedziału dla strzelca tylnego jak w B-29). Operator tylnej wieżyczki miał osobną konsolę i do celowania wykorzystywał specjalny radar, umieszczony na ogonie.