Geneza Przełomu Pienińskiego, pomimo szeroko zakrojonych badań naukowych, wciąż nie została jednoznacznie wyjaśniona. Najczęściej Przełom Pieniński uznaje się za przełom typu antecedentno-strukturalnego: Pieniny wypiętrzały się na tyle wolno, że rzeka meandrując zdążyła wciąć się w budujące je skały, wykorzystując lokalne różnice w odporności skał na erozję (przełom antecedentny) oraz dostosowując swój bieg do struktur podłoża, głównie licznych uskoków (przełom strukturalny). Według innej teorii duże znaczenie w powstawaniu przełomu mogła odegrać erozja wsteczna niektórych późnoneogeńskich rzek karpackich (pra-Dunajca) – wówczas można mówić o przełomie typu regresyjnego. Przyjmuje się, że przełom tworzył się od miocenu po pliocen.
Dunajec dwukrotnie przekracza Pieniny. Powyżej przepływa przez nie Przełomami Czorsztyńskim i Niedzickim w miejscu obecnego Jeziora Czorsztyńskiego. Historia spływu Pienińskim Przełomem Najstarsze informacje o spływie Pienińskim Przełomem występują na pochodzącej z 1589 roku polichromii w starym kościele w Krościenku. Spływ Przełomem Dunajca przedstawia także pochodząca z XVII wieku ikonografia w Czerwonym Klasztorze. W pierwszej połowie XIX wieku nabrał on znaczenia gospodarczego.