Jego zdaniem zawiera ono element irracjonalności, albowiem związane z tym uczucia wymykają się ujęciu racjonalnemu; na doświadczenie to można jedynie wskazywać za pomocą ideogramów czy pojęć interpretacyjnych. Nieredukowalne czynniki tego doświadczenia Otto określił – za Lutrem, który wszakże nie używał tych pojęć – mianami i mysterium fascinans. 1926 – Mistyka Wschodu i Zachodu (West-östliche Mystik) Otto porównuje pobożność i mistykę hinduizmu i chrześcijaństwa. Uznaje podobieństwa, ostatecznie jednak dochodzi do wniosku o wyższości Ewangelii nad Wedantą. 1930 – Die Gnadenreligion Indiens und das Christentum.
Myśl filozoficzna R. Otto jest przedstawicielem fenomenologii. Wilhelm Koepp zaliczając go do fenomenologów wyjaśnia, że jego filozofia charakteryzuje się: Zbieraniem prywatnych dokumentów i innych form wyrażenia doświadczenia religijnego, przeszłego i obecnego i Czystym opisem zjawisk religijnych. Dotarcie do istoty zjawiska, badanie go w oderwaniu od pozostałych Oparcie się na wewnętrznych przeżyciach R.