Do kraju powrócił po nieudanych dla reprezentacji Bułgarii mistrzostwach Europy 1996. Wówczas na stanowisku trenera kadry zmienił swojego dawnego kolegę z drużyny narodowej Dimityra Penewa. Przygodę selekcjonerską rozpoczął od konfliktu z ówczesnym liderem reprezentacji Christo Stoiczkowem, który obraził się na władze federacji i ogłosił rozstanie z reprezentacjąZob. wywiad Tani Wasilewej z Bonewem pt. "Ultimatum Stoiczkowa", w: "Piłka Nożna", XX/1996, s. 19.. Bułgarzy bez swojego najlepszego piłkarza ulegli w pierwszym meczu eliminacji do Mundialu 1998 Izraelowi 1:2. Innym skandalem w kadrze z okresu, w którym Bonew pełnił obowiązki selekcjonera, była awantura między Stoiczkowem a Emilem Kostadinowem o opaskę kapitanaZob. J.Waloszek [Wal], "Zagadkowy "Ico", w: "Mistrzostwa Świata 1998. Encyklopedia FUJI", s. 53..
Ostatecznie Bonewowi udało namówić się Stoiczkowa do powrotu. Bułgarzy w kolejnych spotkaniach kwalifikacyjnych do mistrzostw świata ograli Cypr (3:1 i 4:1), Izrael (1:0) oraz Rosję (1:0), i drugi raz z rzędu świętowali awans do Mundialu. Cztery lata wcześniej dotarli do półfinału.