Bonew nie dokonał wielu zmian kadrowych w porównaniu z zespołem, który grał na Mundialu 1994. Mimo obecności kilku młodszych zawodników (Zdrawko Zdrawkow i Radostin Kisziszew), to o obliczu drużyny nadal decydowali doświadczeni Stoiczkow, Kostadinow, Trifon Iwanow, Krasimir Bałykow i Złatko Jankow, a także Ljubosław Penew, którego z poprzedniego turnieju wyeliminowała choroba. Jednak ten generacyjny konglomerat prowadzony przez Bonewa na Mundialu we Francji zdobył tylko jeden punkt i nie wyszedł z grupy. Z turniejem zespół pożegnał się porażką 1:6 z Hiszpanią.
Bonew złożył wymówienie, jednak nie zostało ono przyjęte. Odszedł dopiero po pierwszym meczu eliminacji do Euro 2000, przegranym 0:3 z Polską.
Po rozstaniu z kadrą Bonew krótko pracował w Łokomotiwie Sofia i niemieckim FC Sachsen Leipzig. Od marca 2004 jest dyrektorem generalnym Łokomotiwu Płowdiw.
W ciągu ostatniej dekady na ławkę szkoleniową powrócił tylko raz - na dwie kolejki przed zakończeniem sezonu 2009–2010 zastąpił Naciego Şensoya na stanowisku trenera Łokomotiwu, który walczył o utrzymanie w lidzeBonev bids to rescue Loko Plovdiv (Dostęp 13 maja 2010)].