Poważnym utrudnieniem dla akcji neounii był również niejednoznaczny stosunek do niej wśród biskupów rzymskokatolickich: wielu z nich uważało za sensowną i trwałą jedynie konwersję wiernych na obrządek łacińskiMirosława Papierzyńska-Turek, op.cit., s. 415.. Z kolei wielu misjonarzy, pragnąc zwiększyć liczbę przyjmujących neounię, posługiwało się w swojej pracy określeniami typu katolicki Kościół prawosławny i zacierało wszelkie różnice między obydwiema organizacjami kościelnymi. W dużej mierze zawiodły oczekiwania na masowe powroty byłych unitów i ich potomków do katolicyzmu: wielu z nich, niezależnie od okoliczności przyjęcia prawosławia, uważało się za zakorzenionych w tej wierze. Nowy obrządek stał się kilkakrotnie przyczyną konfliktów związanych z własnością konkretnych obiektów sakralnych: cerkwi, cmentarzy, budynków parafialnych czy dzwonnic. Zatargi takie miały miejsce we wsiach: Cechów, Dubeczno, Humaniszcze, Gubcze, Jeziory, Kuraszew, Starokornin, Olpień, Zabłocie, KostomłotyMirosława Papierzyńska-Turek, op.cit., s. 417. i KuraszewoMikołaj Dawidziuk, Unia w Kuraszewie, Bielsk Podlaski 2008..