Konflikt zakończył się dopiero po objęciu rządów w diecezji przez charyzmatycznego biskupa Józefa de Camelis mianowanego przez papieża w 1689. Jednakże już po najeździe Rakoczych na Zakarpacie w 1703 de Camelis został wygnany, a po jego śmierci w 1705 własnych nominatów obsadzili książę siedmiogrodzki Franciszek II Rakoczy, cesarz Józef I Habsburg i papież. Największe wpływy zdobył sobie nominat cesarski Józef Hodermarszky, jednak w 1715 został zmuszony do ustąpienia na korzyść papieskiego wikariusza generalnego Gennadego Bizancziego.
W 1771 diecezja mukaczewska została formalnie erygowana jako katolicka, co położyło kres pretensjom arcybiskupów Egeru do zwierzchnictwa nad tą diecezją i zakończyło spory (książęta siedmiogrodzcy już wcześniej wypadli z gry wskutek utraty niezawisłości przez Siedmiogród). Jednak oczywistym następstwem konfliktów była dezorganizacja diecezji mukaczewskiej, która rozpadła się na kilka grup parafii żyjących praktycznie niezależnie od siebie. Stanowi temu zaradzono dopiero w XVIII wieku.