Dopiero 24 kwietnia 1646 na zamku w Użhorodzie, za sprawą kolejnego biskupa mukaczewskiego Piotra Rostoszyńskiego i biskupa Egeru Jerzego Jakusicia, 63 prawosławnych księży przyjęło unię, która od tej pory zaczęła funkcjonować w rzeczywistości. Jej terytorialny zasięg objął 420 parafii na terenach dzisiejszej wschodniej Słowacji, zaś wiernymi byli w przeważającej większości Rusini zamieszkujący te tereny. Organizacja unickiego kościoła rusińskiego okrzepła za czasów następnego biskupa mukaczewskiego Piotra Petrovicia (1651-1655).
Nowo powstały kościół unicki przez kilka dekad przeżywał kryzys. Popierani przez habsburskich cesarzy arcybiskupi Egeru walczyli o poddanie diecezji swojej zwierzchności jako sufraganii, z kolei książęta siedmiogrodzcy dążyli do utrzymania jej niezależności od habsburskiej części Węgier i uzależnienia od siebie, zaś papieże zajmowali raczej niezdecydowane stanowisko. Wynikiem tego były długotrwałe spory o prawo obsadzania mukaczewskiej stolicy biskupiej. Piotr Petrović został wybrany na biskupa przez synod diecezjalny, jednak sprzeciwiający mu się książę nie wypuścił elekta z Siedmiogrodu. Święceń biskupich udzielił mu zatem prawosławny biskup Stefan z Alba Iulia. Po śmierci biskupa Petrovicia w 1665 własnych kandydatów mianowali książę siedmiogrodzki i cesarz rzymski.