Gdy więzień odmówił zeznań, Hijikata powiesił go za kostki ze związanymi rękoma i przebił mu pięty pięciocalowymi kolcami. Na otworach umieścił zapalone świece, z których gorący wosk ściekał do ran. W ten sposób uzyskano informację o spotkaniu ishin-shishi w gospodzie Ikedaya. Gdy zrozumiano, jak pilna jest sytuacja, Isami Kondō poprowadził oddział Shinsengumi do gospody, aby zabić ishin-shishi zanim będą w stanie zrealizować swój plan. Druga grupa, prowadzona przez Hijikatę, dotarła wkrótce potem.
Gdy na widok funkcjonariuszy właściciel zajazdu uciekł w panice na górę, ci podążyli oni za nim do jednego z pomieszczeń, gdzie zastali około dwudziestu osób. Gdy Kondō zażądał od nich złożenia broni i poddania się śledztwu, jeden ze zgromadzonych mężczyzn natarł na niego z mieczem – szybszy był jednak Okita Sōji, który miał zabić go jednym cięciem. Wywiązała się walka, do której wkrótce dołączył oddział Hijikaty i Saitō, a później także samurajowie innych klanów stojących po stronie shōguna. Zajazd był otoczony, walka trwała długo tak wewnątrz, jak i na zewnątrz. Zginęli przywódcy spisku, wśród nich osoby, które uważano za krajowych prowodyrów ruchu zmierzającego do obalenia bakufu.