Bieg Krutyni pod względem hydrologicznym rozpoczyna się na terenach otaczających Jezioro Warpuńskie. Na pojezierzach jednak zwyczajowo przyjmuje się nieco inne kryteria nazewnictwa. Rzeki zmieniają nazwy zawsze (lub prawie zawsze) wtedy, gdy przepływają przez jezioro, które zbiera wodę z innych, dodatkowych rzek i cieków. Według takiego kryterium Krutynia zaczyna się w Jeziorze Krutyńskim, a kończy w jeziorze Bełdany, gdzie wpływa do Systemu Wielkich Jezior Mazurskich. Zatem Krutynia w swoim różnym biegu przyjmuje różne nazwy. Między początkowymi jeziorami nie ma nazwy, następnie przyjmuje kolejno: Sobiepanka, Grabówka, Dąbrówka, Babięcka Struga, Struga Spychowska, aż w końcu Krutynia.
Według Państwowego Rejestru Nazw Geograficznych Krutynia swój bieg rozpoczyna jako odpływ Jeziora Gielądzkiego w Sorkwitach, a kończy jako dopływ Bełdan w Iznocie. W rejestrze tym nosi identyfikator 62813. Jednocześnie rejestr ten wymienia takie rzeki, jak Sobiepanka, Babięcka Struga, Zyzdrój czy Struga Spychowska, a ciągły przebieg pod nazwą Krutynia notuje dopiero od wypływu z Jeziora Mokrego. W planie gospodarowania wodami jednolita część wód „Krutynia do jez. Bełdany” o kodzie PLRW2000182643699 obejmuje Krutynię wraz z dopływami, także rzeką Bałowo, czyli głównym dopływem do Jeziora Warpuńskiego.