W górnym biegu, do jeziora Zyzdrój Wielki, Krutynia ma bieg następujący: jezioro Zyzdrój Wielki Babięcka Struga Czarna Struga jezioro Tejsowo Jezioro Kały Jezioro Krawienko jezioro Krawno jezioro Babięty Małe Babant jezioro Babięty Wielkie Jezioro Rańskie jezioro Słupek Jezioro Miętkie jezioro Zaleśna jezioro Bobrek jezioro Kamionka jezioro Stromek Babant jezioro Pierwój Jezioro Gant Dąbrówka Jezioro Białe Jezioro Krzywe jezioro Piłakno Jezioro Dłużec Grabówka Jezioro Zdrężno Jezioro Kujno Sobiepanka jezioro Lampasz Jezioro Lampackie Jezioro Gielądzkie Jezioro Pustnik Mały Jezioro Zyndackie Jezioro Warpuńskie
W średnim biegu system połączeń jest następujący:
Jezioro Krutyńskie Jezioro Klimut Jezioro Mojtyn Jezioro Nawiady Jezioro Nawiadki Jezioro Chudek Jezioro Kiełbonki Jezioro Mokre Jezioro Kołowin Jezioro Piersławek jezioro Uplik jezioro Zdrużno (Zdróżno) Struga Spychowska jezioro Kierwik Jezioro Spychowskie Jezioro Ciche Struga Spychowska jezioro Zyzdrój Mały jezioro Zyzdrój Wielki
W dolnym biegu, poniżej Jeziora Krutyńskiego do ujścia bieg jest następujący:
jezioro Bełdany Krutynia Jezioro Jerzewko Krutynia jezioro Malinówko Krutynia Jezioro Lisuńskie Jezioro Gardyńskie Krutynia Jezioro Krutyńskie