Na Warmii początkowo było to Braniewo (1280-1340), następnie Orneta (1340-1350), a w końcu Lidzbark Warmiński (od 1350 roku).
Wieś od początku swojego istnienia znajdowała się w pobliżu siedziby biskupa warmińskiego, a od 1350 roku położenie miejscowości nabrało dodatkowego znaczenia ze względu na strategiczny charakter trasy prowadzącej z Lidzbarka Warmińskiego do Braniewa i Fromborka. Po II pokoju toruńskim zawartym w 1466 roku Warmia wraz całymi Prusami Królewskimi znalazła się w granicach I Rzeczypospolitej. Babiak stał się tym samym miejscowością należącą do Korony Polskiej. Okres ten cechuje się rozwojem kultury, sztuki i nauki. W tym czasie w Babiaku wznoszone są mury gotyckiego kościoła parafialnego oraz powstaje jego bogate wyposażenie.
Duże znaczenie dla rozwoju miejscowości i regionu miał mecenat biskupów oraz kanoników warmińskich. Biskup wraz z kapitułą sprawowali na Warmii władzę świecką. Stanowili elitę intelektualną, wykształconą na najlepszych europejskich uniwersytetach. Biskupi warmińscy zasiadali w Senacie Rzeczypospolitej, a od 1508 r. byli także prezesami ziem pruskich, zwołując z tej racji sejmiki generalne Prus Królewskich.