II wojna światowa Po wybuchu II wojny światowej Leon Mirecki zaczął budować konspiracyjną organizację wojskową w oparciu o struktury SN. Był pierwszym komendantem powiatowym NOW, mając pod sobą 2 tys. zwerbowanych żołnierzy. W wyniku dekonspiracji musiał uciekać z Ostrowi do Warszawy. Tam dalej działał w SN i NOW. Został zastępcą kierownika Wydziału Organizacyjnego SN oraz inspektorem w Komendzie Głównej NOW, a po scaleniu NOW z AK, inspektorem Komendy Okręgu Białostockiego AK. Brał udział w powstaniu warszawskim. Wzięty do niewoli niemieckiej, przebywał w obozie w Pruszkowie, skąd zbiegł.
Po przetoczeniu się frontu, w styczniu 1945 nastąpiła nowa faza działalności konspiracyjnej. Wnet zaczęły się wielkie aresztowania i zatrzymano prawie cały Zarząd SN. Jako jeden z nielicznych uniknął aresztowania, a to on właśnie miał sieć kontaktów ze strukturami terenowymi SN. Doprowadził do odbudowania Zarządu Głównego SN, w którego skład wszedł m.in. z ks. Władysławem Matusem jako prezesem i Janem Matłachowskim jako wiceprezesem i delegatem SN do Rady Jedności Narodowej i Delegatury Rządu na Kraj.