18 listopada 1700 hrabia Jerzy Fryderyk Paczensky von Tenczin sprzedał Czyżowice wraz z dziedzicznymi dobrami i „pradawną siedzibą rycerską” miastu Prudnik za 18 tys. talarów. Do 1742 wieś należała do powiatu sądowego prudnickiego w Monarchii Habsburgów. Po I wojnie śląskiej znalazła się w granicach Królestwa Prus i weszła w skład powiatu prudnickiego w prowincji Śląsk. mały|upright|Pieczęć Czyżowic (1890) Wieś posiadała swoją własną pieczęć, która przedstawiała w polu drzewo, na nim ptak, po obu stronach wysokie drzewo, a w otoku napis: ZEISELWITZ · GEM: S: NEUSTAEDTER · KR (). Miejscowość pozostała własnością Prudnika do połowy XIX wieku. Wówczas zamieszkiwało ją 500 osób, z których większość stanowili katolicy. W 1846 wznieśli oni przydrożną kaplicę w południowej części wsi. Według spisu ludności z 1 grudnia 1910, na 585 mieszkańców Czyżowic 572 posługiwało się językiem niemieckim, a 13 językiem polskim. W 1921 w zasięgu plebiscytu na Górnym Śląsku znalazła się tylko część powiatu prudnickiego. Czyżowice znalazły się po stronie zachodniej, poza terenem plebiscytowym. mały|Czyżowice na mapie z 1930 Staraniem pochodzącego ze wsi księdza Roberta Mazura, w latach 1932–1936 w Czyżowicach został zbudowany halowy kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa. Budowa kosztowała 100 tys. marek.