Uroczyste poświęcenie i zawieszenie dzwonów na wieży kościoła odbyło się 30 października 1934.
W okresie II wojny światowej w Czyżowicach pracowali robotnicy przymusowi z Polski, m.in. z miejscowości: Wieprz, Będzin, Kochcice i Kromołów. Podczas bitwy o Prudnik w marcu 1945 wieś ucierpiała w niewielkim stopniu. Straty i zniszczenia materialne zostały oszacowane w wysokości 10%. Od marca do maja 1945 powiat prudnicki znajdował się pod kontrolą radzieckiej komendantury wojskowej. 11 maja 1945 polska administracja przejęła władzę cywilną w powiecie prudnickim. Wówczas w Czyżowicach została osiedlona część polskich repatriantów z Kresów Wschodnich z okolic Tarnopola na terenie obecnej Ukrainy – z Nowostawców, Podlesia, Podzameczka, Mikuliniec i Dźwinogrodu. Niemieckojęzyczna ludność została wysiedlona na zachód.
W latach 1945–1950 Czyżowice należały do województwa śląskiego, a od 1950 do województwa opolskiego. W latach 1945–1954 wieś należała do gminy Rudziczka, w latach 1954–1961 do gromady Prężynka, a w latach 1961–1972 do gromady Rudziczka.