1 grudnia 1832 „Beagle” osiągnął Ziemię Ognistą. Potem skierowano się w kierunku Falklandów. FitzRoy zakupił tam mały szkuner, który pod nazwą HMS „Adventure”, towarzyszył „Beagle” w dalszej podróży. Oba statki opłynęły przylądek Horn i znalazły się na Pacyfiku. Tam dotarła do FitzRoya reprymenda z Admiralicji dotycząca zakupu „Adventure” i zakazująca podejmowania samodzielnie podobnych działań. Zdenerwowany FitzRoy zdecydował się zrezygnować z funkcji kapitana, ale prośby załogi skłoniły do wycofania rezygnacji.

Tymczasem prowadzono badania pacyficznego wybrzeża Ameryki Południowej kierując się na północ. Pod koniec 1835 osiągnęli wyspy Galapagos, gdzie spędzili dwa miesiące. Później ruszyli w dalszą drogę przez Pacyfik, mijając Tahiti i docierając do Nowej Zelandii, gdzie trafili na osadę misjonarską prowadzoną przez starszego brata Richarda Matthewsa, Josepha. 30 grudnia 1835 marynarze opuścili Nową Zelandię. 12 stycznia dotarli do Australii, której widok przywołał im na myśl Ziemię Ognistą.