1 kwietnia wyprawa wpłynęła na Ocean Indyjski i 31 maja dotarła do Kapsztadu, gdzie FitzRoy wydał list otwarty Moral State of Tahiti, w której popierał i bronił działania misjonarzy na Pacyfiku. 18 czerwca 1836 r. „Beagle” wypłynął w dalszy rejs i, po przetrwaniu sztormu, z dniem 2 października 1836 r. okręt HMS „Beagle” przypłynął do portu Falmouth w Kornwalii.
Po powrocie Niedługo po powrocie z wyprawy FitzRoy poślubił Mary Henriettę O’Brien, z którą przez długi czas był zaręczony. Darwin był tym niezmiernie zdziwiony, gdyż podczas całego 5-letniego rejsu kapitan ani słowem nie wspomniał o tym, że w ogóle jest zaręczony.
Tymczasem na uczestników wyprawy sypały się pochwały i nagrody. FitzRoy dostał w 1837 r. Złoty Medal Królewskiego Towarzystwa Geograficznego. FitzRoy, który cały czas prowadził zapiski z wyprawy uzupełnił je teraz o opisy Darwina i poprzedniego kapitana, i wydał je w maju 1839 r. w 4-tomowym dziele Narrative of the surveying voyages of H.M.S. Adventure and Beagle. Podczas podróży uznawał idee Charlesa Lyella i protestował w swym dziele przeciw dosłownemu traktowaniu Biblii, ale w następnych latach, pod wpływem swej bardzo religijnej żony, odrzucił poglądy Lyella i Darwina, stając się gorliwym stronnikiem nauki Kościoła Anglikańskiego.