FitzRoy starał się zdyskontować swoją popularność i w 1841 r. ponownie zgłosił swoją kandydaturę w wyborach do Izby Gmin w okręgu Durham. Tym razem odniósł sukces i przez następne dwa lata zasiadał w ławach Parlamentu.
Gubernator Nowej Zelandii Kapitan nie cieszył się długo miejscem w Parlamencie. W 1842 r. zmarł pierwszy brytyjski gubernator Nowej Zelandii William Hobson i właśnie FitzRoy został wytypowany na jego następcę. Jego nominacja została zatwierdzona w kwietniu 1843 r. Zadanie było trudne. Nowa Zelandia była młodą kolonią, w której osadnikami były głównie osoby wyjęte spod prawa o dość wątpliwej reputacji. Nowa Zelandia była też bazą dla wielorybników, polujących w regionie. Należało też dbać o utrzymanie dobrych relacji z Maorysami, co przy temperamencie kolonistów było trudnym zadaniem. FitzRoy dostał ponadto niewiele pieniędzy i jeszcze mniejsze wsparcie wojskowe.