W tym samym roku zadebiutował w gronie tenisistów zawodowych.
Sezony 2003−2004 Sezon 2003 zakończył na pozycji nr 179. w rankingu seniorskim; wygrał w t.r. cztery turnieje rangi ITF Futures (dodatkowo jeden finał), był w dwóch półfinałach zawodów ATP Challenger Tour. W 2004 roku wygrał dwa turnieje ATP Challenger Tour, w Boltonie, pokonując w finale Petera Wesselsa oraz w Bratysławie wygrywając finałowy pojedynek z Dominikiem Hrbatym). Latem 2004 roku wystąpił na igrzyskach olimpijskich w Atenach dzięki przyznanej przez organizatorów "dzikiej karcie". Zdołał osiągnąć II rundę, pokonując na samym początku Grégory'ego Carraza, a potem przegrywając w trzech setach z Niemcem Nicolasem Kieferem. W sierpniu Pagdatis debiutował w turnieju wielkoszlemowym US Open, gdzie dotarł do II rundy, będąc jedynym obok Andre Agassiego graczem, któremu udało się wygrać seta z późniejszym zwycięzcą, Szwajcarem Rogerem Federerem.