Sezon 2005 Na początku roku Cypryjczyk dotarł do IV rundy Australian Open, pokonując wcześniej m.in. Ivana Ljubičicia i Tommy'ego Robredo. W meczu o ćwierćfinał zmierzył się z Rogerem Federerem, z którym przegrał 2:6, 2:6, 6:7(4). Tego roku zadebiutował również w French Open przegrywając w I rundzie z Davidem Nalbandianem i Wimbledonie, gdzie odpadł w I etapie rozgrywek z Michaiłem Jużnym. W czerwcu Pagdatis wygrał zawody ATP Challenger Tour w Kordobie pokonując w finale Kolumbijczyka Alejandro Fallę 6:3, 6:3.
W ostatnim w sezonie wielkoszlemowym turnieju, US Open, Pagdatis zagrał w I rundzie przegrywając z Dmitrijem Tursunowem 4:6, 3:6, 7:6(7), 2:6. Na początku października osiągnął ćwierćfinał w turnieju rozgrywanym w Tokio. W pojedynku o półfinał przegrał z Mario Ančiciem 1:6, 6:7(4). 24 października Pagdatis uzyskał swój pierwszy finał rozgrywek ATP World Tour, podczas rywalizacji w Bazylei, pokonując w drodze do finału m.in. Davida Nalbandiana. W finale spotkał się z Fernando Gonzálezem, który wygrał spotkanie 6:7(8), 6:3, 7:5, 6:4, zwyciężając tym samym w całym turnieju.