W jednym z azjatyckich turniejów, w Kuala Lumpur doszedł do II etapu turnieju, pokonując 4:6, 6:3, 7:6(5) reprezentanta Chińskiego Tajpej Lu Yen-hsuna. Swój udział w rozgrywkach zakończył w meczu z Michaiłem Jużnym, przegrywając 2:6, 3:6.
W październiku Pagdatis wygrał turniej ATP Challenger Tour w Taszkencie, pokonując w finale Denisa Istomina. W rozgrywkach rangi ATP World Tour w Sztokholmie Pagdatis doszedł do finału, pokonując m.in. Juana Carlosa Ferrero. W finale zmierzył się z Belgiem Olivierem Rochusem, z którym wygrał 6:1, 7:5.
Sezon zakończył na 42. miejscu w światowym rankingu ATP.
Sezon 2010 W połowie stycznia Pagdatis wystartował w turnieju w Sydney. Rozgrywki zakończyły się zwycięstwem Cypryjczyka, który w drodze po tytuł wyeliminował m.in. Lleytona Hewitta, Mardy'ego Fisha, a w finale pokonał 6:4, 7:6(2) Richarda Gasqueta. Był to czwarty singlowy triumf Cypryjczyka. Następnie wystartował w Australian Open, gdzie doszedł do III rundy. Wyeliminował w trzech setach Frederico Gila oraz stoczył zwycięski pięciosetowy pojedynek z Davidem Ferrerem. W spotkaniu o 1/8 finału po raz kolejny zagrał z Hewittem, lecz tym razem lepszy okazał się Australijczyk. Mecz zakończył się przy stanie 6:0, 4:2 dla Hewitta.